Το Παιδαγωγικό Ινστιτούτο (Π.Ι.) ως ανεξάρτητη δημόσια υπηρεσία, ιδρύθηκε το 1964 (Ν. 4379/1964) από τον  τότε Πρωθυπουργό και Υπουργό Παιδείας Γεώργιο Παπανδρέου. Ως νέος αλλά και πρωτοποριακός θεσμός, αποτέλεσε μετεξέλιξη και συγχώνευση προϋπαρχόντων συμβουλευτικών οργάνων του Υπουργείου και οργανώθηκε έχοντας ως υπόδειγμα την εσωτερική οργάνωση του Συμβουλίου της Επικρατείας (Τμήματα αρμοδιοτήτων στα οποία υπηρετούν Σύμβουλοι και Πάρεδροι). Πρώτος πρόεδρος του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου ήταν ο καθηγητής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης Ι.Θ. Κακριδής. Στους αρχικούς στόχους του Π.Ι., περιλαμβανόταν ο σχεδιασμός αλλά και η στήριξη της Εκπαιδευτικής Μεταρρύθμισης που τότε επιχειρήθηκε και στην οποία καθοριστική ήταν η συμβολή των Ε. Παπανούτσου και Λ. Ακρίτα. Την περίοδο της δικτατορίας, το Π.Ι. καταργήθηκε (Α.Ν. 59/1967). Κατά τη Μεταπολίτευση (Ν. 186/1975), ιδρύθηκε το «Κέντρο Εκπαιδευτικών Μελετών και Επιμορφώσεως» (Κ.Ε.Μ.Ε), οι αρμοδιότητες του οποίου ήταν αντίστοιχες με αυτές του Π.Ι.. Το 1985 (Ν. 1566) καταργήθηκε το ΚΕΜΕ και επανιδρύθηκε το Παιδαγωγικό Ινστιτούτο. Σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν. 1566/85 (άρθρο 24), το Π.Ι. αποτελεί ανεξάρτητη δημόσια υπηρεσία, εδρεύει στην Αθήνα και υπάγεται απευθείας στον Υπουργό Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων.

To Παιδαγωγικό Ινστιτούτο είναι ο παλαιότερος ερευνητικός και συμβουλευτικός φορέας σε ζητήματα παιδείας και με το έργο του συμβάλλει ουσιαστικά στη χάραξη της εκπαιδευτικής πολιτικής από το ΥΠ.Ε.Π.Θ. Κύριος σκοπός του Π.Ι. είναι η πολύπλευρη μελέτη του ελληνικού εκπαιδευτικού συστήματος, η υποβολή προτάσεων, γνωμοδοτήσεων και εισηγήσεων προς τον Υπουργό Παιδείας για όλα τα θέματα της εκπαίδευσης, καθώς και η εφαρμογή των αποφάσεων του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων σε εκπαιδευτικό-παιδαγωγικό επίπεδο.

Σύμφωνα και με μεταγενέστερες νομοθετικές ρυθμίσεις (Ν. 2525/1997, 2640/1998, 2817/2000, 2909/2001, 2986/2002 και 3194/2003) οι αρμοδιότητες του Π.Ι είναι: